Geração de redes de co-expressão de genes utilizando informações de expressão diferencial

Autores

  • Bruno Afonso Corrêa UNESP – Universidade Estadual Paulista “Júlio de Mesquita Filho” ,
  • Giovana Lanza Okada UNESP – Universidade Estadual Paulista “Júlio de Mesquita Filho” ,
  • Leonardo Mantelle Mello Maldonado UNESP – Universidade Estadual Paulista “Júlio de Mesquita Filho” ,
  • Ivan Rodrigo Wolf , UNESP – Universidade Estadual Paulista “Júlio de Mesquita Filho”
  • Guilherme Targino Valente , UNESP – Universidade Estadual Paulista “Júlio de Mesquita Filho”
  • Rafael Plana Simões , UNESP – Universidade Estadual Paulista “Júlio de Mesquita Filho”

Palavras-chave:

Redes de co-expressão de genes, correlação simples, expressão diferencial de genes.

Resumo

As redes de co-expressão de genes são aplicadas para análise dos processos biológicos. O método de correlação simples é amplamente empregado para a criação de redes, porém não é capaz de modelar adequadamente sua complexidade. O presente estudo propõe um método de geração de redes de co-expressão utilizando dados de expressão diferencial de genes. Para isso, foram obtidos de banco de dados públicos informações de expressão de genes para as espécies Saccharomyces cerevisiae e Homo sapiens. As expressões diferenciais foram calculadas utilizando o pacote DESeq2 do software R. A análise topológica da rede foi realizada utilizando o software MatLab e as redes geradas foram comparadas com redes validadas experimentalmente. Os resultados revelaram que o método proposto é mais eficiente que a correlação para a geração de redes para a espécie Saccharomyces cerevisiae, contudo estudos mais aprofundados ainda são necessários para
uso da metodologia para dados da espécie Homo sapiens.

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Publicado

15-02-2019

Edição

v. 14 - Edição Ermac - Fevereiro 2019

Seção

Artigos de Pesquisa

Licença

Direitos autorais (c) 2022 C.Q.D. - Revista Eletrônica Paulista de Matemática

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Como Citar

CORRÊA, Bruno Afonso; OKADA, Giovana Lanza; MALDONADO, Leonardo Mantelle Mello; WOLF, Ivan Rodrigo; VALENTE, Guilherme Targino; SIMÕES, Rafael Plana. Geração de redes de co-expressão de genes utilizando informações de expressão diferencial. C.Q.D. - Revista Eletrônica Paulista de Matemática, Bauru, v. 14, 2019. Disponível em: https://revistas.bauru.unesp.br/index.php/revistacqd/article/view/179. Acesso em: 2 jun. 2026.